在熒光顯微鏡中，核心的是 一 熒光光源，因為熒光需要高強度的光才可以被激發出來，熒光的光源有LED長效光源，汞燈，另外還有長壽命金屬鹵素燈，當然還有激光。二 激發塊（幾個濾色塊組成的組件，一般有激發光濾色片、二相色鏡、發射光濾色片），因為我們的熒光基團都是在特定波長的光線下才可以激發，并且被激發的發射光也具有特定波長。所以需要選擇合適的激發塊（主要是選擇激發光濾色片、二相色鏡、發射光濾色片這三個的可以通過的光線波長等參數）。 第三核心要素是物鏡。因為只有熒光物鏡才可以提供高透過性，和較好的色差校正。

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